财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、国家税务局，新疆生产建设兵团财务局：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条有关规定，现将固定业户总分支机构增值税汇总纳税政策通知如下：
固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
一、政策依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条
“增值税纳税地点：
（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。”
一般来讲，跨地区的总分机构的增值税不能汇总缴纳，应分别向所在地税务机关申报。增值税条例所述的异地总分机构，指的是总分机构不在同一县（市），但并没有提及是否跨省、自治区、直辖市、计划单列市。财税[2012]9号则明确说明，不在同一县（市），但不跨省、自治区、直辖市、计划单列市，可以根据批准汇总纳税。注意，这里所述市，应为县级市，即不设区的市。
注意与跨地区经营汇总企业所得税的不同，所得税汇总的跨地区指跨省、自治区、直辖市和计划单列市。
增值税汇总缴纳需由省级财政部门会同国税局批准，并报国家财政局和国家税务总局备案。
三、跨地区连锁经营企业增值税汇总纳税
根据《财政部、国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税字[1997]97号）规定，跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。这里的跨地区范围，也指不跨省、自治区、直辖市，与财税[2012]9号不同的是，97号文规定的跨地区的直营连锁企业包括同一县（市）的经营连锁的企业。
这里的审批权限，由省、自治区、直辖市、计划单列市、县（市）国税局会同财政部门审批同意。
注意，此处的连锁经营企业不包括自愿连锁企业，即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标，商号，经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
四、企业所属机构间移送货物征收增值税
《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：“……（三）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。”
其中，所称移送其他机构“用于销售”的情形，《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发〔1998〕137号）规定：
“所称的用于销售，是指受货机构发生以下情形之一的经营行为：
同时，如果发生以上所述两种情形之一的，则总分机构应分别在其所在地缴纳增值税。笔者认为，在此种情况下，如符合财税[2012]9号文规定条件，也可申请由总机构汇总纳税。
五、各地税务机关增值税汇总的具体操作流程不尽相同
关于增值税汇总纳税的具体操作流程，各地出台了一些政策，具体规定不尽相同。
相同之处有：
增值税款必须在总分机构所在地税务机关之间进行分配；
总分机构必须是同一核算
不同之处有，
税款分配标准；增值税发票的管理，领购和认证发票的主体；具体的申报方式等。
在没有新的文件出台的情况下，应暂按各地税务机关的相关规定为准。
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