一、外商投资企业的股权转让，引起企业生产经营性质发生实质变化
伴随着“两法合并”的步伐，一些外商投资企业开始转变经营理念，对持有外方的税收成本进行纳税筹划，以此追求利润的最大化。外商投资企业将持有的外方股份转让给内资企业，外商投资企业的经营性质发生了实质性变化，企业的注册登记类型由外商投资企业转变为内资企业，那么将面临一系列的涉税风险。
（一）生产经营业务性质发生变化，追缴此前享受的企业所得税的定期减免税税款。
两法合并以后，外商投资企业享受的税收优惠政策逐渐丧失，外商投资企业在税收领域的优惠地位正发生转变，一些外商投资企业将外方股东持有的股份转让给内资企业的股东，企业的生产经营业务性质发生实质变化，登记注册类型由此前的外商投资企业变为内资企业。外商投资企业的生产经营业务性质发生变化后，由此也面临追缴此前享受的企业所得税定期减免税的涉税风险。根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业原有若干税收优惠政策取消后有关事项处理的通知》（国税发［2008］23号）文件的规定，外商投资企业按照《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》的规定享受定期减免税优惠，2008年以后，企业生产经营业务性质或经营期发生变化，导致其不符合《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得法》规定条件的，仍应依据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税》规定补缴此前（包括优惠过渡期内）已经享受的定期减免税税款。
例：甲外商投资企业于2006年注册登记成立，注册资本为1000万元，其股权组成结构为：A内资企业股东出资750万元，持有甲公司股份为75% ；B境外股东出资250万元，持有甲公司股份为25%。2011年5月甲外商投资企业将持有的外方股份25%的部分，转让给内资企业C。假设甲外商投资企业于开业的当年盈利，且作为第一个盈利年度。2006年盈利100万元，2007年盈利50元，2008年盈利200万元，2009年盈利30万元，2010年1-5份利润总额为20万元。
甲企业2006-2010年在持续经营的原则下缴纳企业所得税如下：
1.企业2006-2007年根据《外商投资企业和外国企业所得税法》的规定作为免税年度，不缴纳企业所得税。免缴企业所得税额=150*30%=45万元
2.企业2008-2010年根据国发［2007］39号文件的规定，在新税法施行后5年内逐步过渡到法定税率及新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止。2008-2010年企业缴纳所得税=（200+30+20）*12.5%=31.25万元
2008-2010年企业减免的所得税=31.25万元
根据国税发［2008］23号文件的规定，甲外商投资企业将外方持有的股份转让给内资企业，企业生产经营的业务性发生了变化，导致其不符合《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得法》规定条件的，要仍应依据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税》规定要补缴在“二免三减半”期间享受的定期减免税税款。因此甲外商投资企业因生产经营业务性质发生变化，要补缴企业所得税=45+31.25=76.25万元。
（二）生产经营业务性质发生变化，追缴此前享受的增值税的退税税款。
外商投资企业将外方股东持有的股份转让内资企业的股东，企业的生产经营业务性质发生实质变化，登记注册类型由此前的外商投资企业变为内资企业，也将面临着追缴此前享受的增值税退税的涉税风险。根据《财政部国家税务总局关于停止外商投资企业购买国产设备退税政策的通知》（财税［2008］176号）文件的规定，外商投资企业购进的已享受增值税退税政策的国产设备，由主管税务机关负责监管，监管期为5年。在监管期内，如果企业性质变更为内资企业，或者发生转让、赠送等设备所有权发生转让情形，或者发生出租、再投资等情形的，应当向主管税务机关补缴已退税款。
接上例：甲外商投资企业2008年购买国产设备，增值税专用发票上注明的价格为100万元，增值税额为17万元。2010年5月甲企业外方股份转让时，此设备的净值80万元。根据《国家税务总局关于印发《外商投资企业采购国产设备退税管理试行办法》的通知》文件的规定，企业2008年采购国产设备退增值税为17万元。
根据财税［2008］176号文件的规定，外商投资企业购进的已享受退税政策的国产设备，在5年监管期内，如果企业性质变更为内资企业，企业应当向主管税务机关补缴已退的税款，那么甲外商投资企业因变更为内资企业2010年补缴增值税=国产设备净值*适用税率=80*17%=13.6万元。
（三）经营性质发生变化，源泉扣缴股权转让的企业所得税
外商投资企业将外方股东持有的股份转让给内资企业的股东，企业的生产经营性质发生变化，由此也面临股权转让的涉税风险。根据《企业所得税法和企业所得税法实施条例》以及《国家税务总局关于印发《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》的通知》（国税发［2009］3号）文件的规定，对未在中国境内设立机构场所的非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费、转让财产所得以及其他所得应当缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法律规定或合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项的单位和个人为扣缴义务人。
接上例：2011年5月甲外商投资企业将持有的外方股份25%的部分，转让给内资企业C。假设甲企业转让时点净资产为2000万元，转让给C企业的价格为600万元，假定转让价格为公允价格，内资企业C与外方股东B之间无关联关系。（不考虑税收协定或安排）那么根据相关政策规定，涉税处理如下：
1.境内C企业作为法定扣缴义务人，涉税处理为：
（1）《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发［2009］3号）文件规定,扣缴义务人与非居民企业首次签订规定的所得有关的业务合同或协议的，扣缴义务人应当自合同签订之日起30日内，向其主管税务机关申报办理扣缴税款登记。扣缴义务人未按照规定办理扣缴税款登记的，主管税务机关应当按照《税务登记管理办法》第四十五、四十六的规定处理。根据国税发［2009］3号文件的规定，境内C企业作为法定扣缴义务人应于合同或协议签订之日起30日内向主管税务机关申报办理扣缴税款登记。如境内C企业未按规定办理扣缴税款登记的，则面临主管税务机关按照《税务登记管理办法》的有关规定进行的处罚。
（2）《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发［2009］3号）文件规定,扣缴义务人每次与非居民企业签订与规定的所得有关的业务合同时，应当自签订合同之日起30日内向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》。扣缴义务人未按规定的期限向主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表的》及相关资料的，主管税务机关要按照税收征管法及实施细则的有关规定处理。根据国税发[2009]3号文件的规定，境内C企业应于签订合同之日起30日内向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》。如境内C企业未按规定的期限向主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表的》及相关资料的，则面临主管税务机关按照税收征管法及实施细则的有关规定进行的处罚。
（3）境内C企业作为法定源泉扣缴义务人，扣缴B外方股东的应缴纳的企业所得税：扣缴预提企业所得税=（股权转让收入-股权转让成本）*预提所得税税率=（600-250）*10%=35万元
2.B外方股东作为在中国境内未设立机构场所的但有来源于中国境内的所得的非居民企业，要计算缴纳股权转让的企业所得税。
B外方股东缴纳企业所得税=（股权转让收入-股权转让成本）*预提所得税税率=（600-250）*10%=35万元。
二、外商投资企业的股权转让，未引起企业的生产经营性质发生变化
外商投资企业的外方股东将持有的外方股份转让给境外的另一个外方企业，股权转让交易双方均为境外企业，且交易地点在境外，企业的生产经营性质未发生变化，只是企业的外方股东之间发生了变化，由此面临的涉税风险如下：
根据《企业所得税法和企业所得税法实施条例》以及《国家税务总局关于印发《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》的通知》（国税发［2009］3号）文件的规定，对未在中国境内设立机构场所的非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费、转让财产所得以及其他所得应当缴纳企业所得税。
接上例：2010年5月甲外商投资企业将持有的外方股份25%的部分，转让给在中国境外的企业D。假设甲企业转让时点的净资产为2000万元，转让给D企业的价格为600万元，假定转让价格为公允价格，境外D企业与外方股东B之间无关联关系。（不考虑税收协定或安排）那么根据相关政策规定，涉税处理如下：
（一）甲企业作为被转让股权的境内企业的涉税风险
根据《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发［2009］3号）文件的规定，股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，被转让股权的境内企业在依法变更税务登记时，应将股权让合同复印件报送主管国税机关。且被转让股权的境内企业应协助主管税务机关向非居民企业征缴税款。同时被转让股权的境内企业未依法变更税务登记的，主管税务机关应当按照《税务登记管理办法》第四十二条的规定处理。根据国税发［2009］3号文件的规定，那么被转让股权的境内企业甲应在商务局核准股权转让、工商局办理完变更登记后，持有关证件到主管税务机关依法变更税务登记，并将股权转让合同复印件报送主管税务机关。如被转让股权的境内企业甲未依法变更税务登记的，则面临着主管税务机关按照《税务登记管理办法》第四十二条的规定进行的处罚。
（二）B外方股东作为在中国境内未设立机构场所的但有来源于中国境内所得的非居民企业的涉税风险
根据《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发［2009］3号）和《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）文件的规定，股权转让交易双方为非居民企业且在境外交易的，由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整。非居民企业未按规定期限申报纳税的，不缴或少缴应纳税款的，主管税务机关按照税收征管法及其实施细则的有关规定处理。
根据国税发［2009］3号和国税函[2009]698号文件的规定，B外方股东作为未在中国境内设立机构场所的非居民企业，要自行或委托代理人向被转让股权的境内企业C所在地，申报缴纳股权转让的企业所得税。B外方股东缴纳企业所得税=（股权转让收入-股权转让成本）*预提所得税税率=（600-250）*10%=35万元。
如上例B外方股东将持有的25%的股权转让给境外的企业E，且境外企业E是外方股东B的全资子公司，那么境外企业E与外方股东B具有关联关系，B外方股东可能面临特别纳税调整的涉税风险。
如B外方股东未按规定期限申报纳税、不缴或小缴应纳税款的，则面临主管税务机关按照税收征管法及其实施细则的有关规定进行的处罚。
外商投资企业安排税收筹划,进行外方股权的转让交易时，要进行全面的涉税风险分析，以免造成不必要的涉税成本增加。
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