企业在发展壮大的过程中，为了开拓更广阔的市场，往往要在外地设立分支机构。公司扩大经营规模是好事，可是财务人员就会很头疼：分支机构的税务问题怎么处理？所得税、流转税是在当地缴纳还是回总公司缴纳？按哪个地方的标准缴纳？
按目前国内有关法律规定，分支机构都要在所在地办理工商登记和税务登记。
外商投资企业分支机构的税收管理，按现行税收法规规定主要有两种办法：
一是对于采取"独立核算"的分支机构，无论其总机构是否同在一地，凡属于征收增值税为主营业务范围的，要求其每月按税法规定申报增值税，每季按规定填报企业所得税纳税申报表并附送会计报表。
二是采取"非独立核算"经营方式的分支机构：（1）分支机构与总机构在同一地的，由总机构汇总申报缴纳增值税、企业所得税；（2）总机构在异地（外省）的，分支机构在当地申报缴纳增值税，所得税则由其总机构在所在地税务机关汇总申报缴纳。
税收法规对分支机构交纳增值税、消费税和企业所得税有明确的规定：增值税和消费税由分支机构向所在地主管税务机关缴纳，经批准也可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关缴纳；企业所得税由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报缴纳。其它税种基本实行属地管理原则，需按相关法规规定的地点申报纳税，一般不由总公司汇总纳税，下面分别说明。
（一）分支机构交纳增值税的有关规定
1、关于纳税地点的规定
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定：总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
根据国家税务总局《关于增值税若干征收问题的通知》（国税发[1994]122号）的规定：固定业户的总、分支机构不在同一县（市），但在同一省、自治区、直辖市范围内的，其分支机构应纳的增值税是否可由总机构汇总缴纳，由省、自治区、直辖市税务局决定。
2、关于一般纳税人身份认定
根据《国家税务总局关于印发<增值税一般纳税人申请认定办法>的通知》（国税发[1994]59号）规定：纳税人总分支机构实行统一核算，其总机构年应税销售额超过小规模企业标准，但分支机构年应税销售额未超过小规模企业标准的，其分支机构可申请办理一般纳税人认定手续。
分支机构在办理认定手续时，必须提供总机构所在地主管税务机关批准其总机构为一般纳税人的证明。
3、实行统一核算的机构之间移送货物交纳增值税问题
（1）根据《增值税暂行条例实施细则》第四条规定：设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售的，设在同一县（市）的除外，视同销售货物。
（2）根据《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定："用于销售"是指收货机构发生以下情形之一的经营行为：
①向购货方开具发票；
②向购货方收取货款。
收货机构未发生上述两项情形的，不缴纳增值税，由总机构统一缴纳。
因此，不在同一县市的机构之间移送货物不一定就属于视同销售的行为，关键是看：合同由谁签，发票由谁开，款项由谁收。
4、集中资金结算的纳税规定
根据国家税务总局《关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[2002]802号）的规定：纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定的收货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。
5、连锁经营的特殊规定
根据《财政部、国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税[1997]97号）的规定：在总部领导下统一经营的连锁企业，凡按照国内贸易部《连锁店经营管理规范意见》（内贸政体法字[1997]第24号）的要求，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并符合以下条件的，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税：
a、在直辖市范围内连锁经营的企业，报经直辖市国家税务局会同市财政局审批同意；
b、在计划单列市范围内连锁经营的企业，报经计划单列市国家税务局会同市财政局审批同意；
c、在省（自治区）范围内连锁经营的企业，报经省（自治区）国家税务局会同省财政厅审批同意；
d.在同一县（市）范围内连锁经营的企业，报经县（市）国家税务局会同县（市）财政局审批同意。
（二）分支机构缴纳消费税的有关规定
根据《中华人民共和国消费税暂行条例实施细则》规定：纳税人的总机构与分支机构不在同一县（市）的，应在生产应税消费品的分支机构所在地缴纳消费税。但经国家税务总局及所属税务分局批准，纳税人分支机构应纳消费税税款也可由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关缴纳。
（三）分支机构缴纳企业所得税的有关规定
根据《国家税务总局关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》（国税发[1997]49号）规定：外商投资企业设在我国境内的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构，由其总机构汇总缴纳企业所得税。
分支机构缴纳所得税需要注意的问题：
1、分支机构要按分支机构所在地同行业适用税率计算应纳所得税。
《国家税务总局关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》（国税发[1997]49号）规定：
（1）外商投资企业设在我国境内的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构，其生产经营所得应适用该分支机构所在地同类业务企业适用的企业所得税税率。
（2）外商投资企业在我国境内生产产品及销售自产产品，不论是否通过设立销售机构进行销售及销售机构核算方式如何，其生产销售自产产品的利润均应按产品实际生产机构所在地适用的企业所得税税率，由其总机构汇总计算缴纳所得税。
因此，销售分公司销售自产产品，应按生产地税率汇总纳税。
2、总机构在汇总纳税后，分支机构需要向其所在地主管税务机关报送总机构纳税证明、年度申报表和会计报表。
根据《国家税务总局关于印发新修订的<外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴管理办法>的通知》（国税发[2003]13号）规定：采取汇总纳税后，分支机构应在每年5月31日前，向汇缴机构主管税务机关索取《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》，并应在6月30日前将该证明及其年度申报表和会计报表送达其分支机构或营业机构所在地主管税务机关。
3、关于亏损弥补问题
根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业所得税法若干执行问题的通知》（国税发[2000]152号）规定：外商投资企业和外国企业汇总或合并申报我国境内各分支机构或营业机构企业所得税时，当某些机构发生亏损，首先应用相同税率机构的盈利进行抵补；若没有相同税率机构的盈利，可用与亏损机构相近税率机构的盈利进行抵补。
4、连锁经营的规定
根据《财政部、国家税务总局关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）规定：对从事跨区域连锁经营的外商投资企业，由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。
（四）其它税种的处理
1、营业税：原则上采取属地征收的办法，在经营行为发生地交纳税款。
2、资源税：向应税产品的开采或者生产所在地主管税务机关缴纳税款。
3、土地增值税：向房地产所在地主管税务机关申报纳税。
4、印花税：纳税人自行完税。
5、契税：向土地、房屋所在地的征收机关申报纳税。
6、个人所得税：谁支付谁代扣代缴。
7、城市房地产税：向房地产所在地主管税务机关申报纳税。
8、车船税：向所在地主管税务机关申报纳税。
通过以上分析可以看出：外资企业分支机构的纳税在连锁经营中对核算问题有要求，其他对会计核算并无特别要求。也就是说，对于分支机构是否单独设立账目，是否单独编制报表并无规定，因此，不论是否独立核算，分支机构都必须按以上规定进行处理。
