税法规定了连锁经营企业的纳税地点，会计核算方面应根据《企业连锁经营有关财务管理问题的暂行规定》（财商字[1997]411号）的规定，在总、分店移送货物视同销售的情况下，缴纳增值税的会计处理如下：
1、同一地区和城市的连锁企业，实行“总部——分店”管理模式。即分店的所有账目必须并入总部账目，分店为报账单位，同时分店应根据管理的需要设置必要的辅助账目，并定期与总部对账，分店所有的资产、负债和损益，都归总部统一核算。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理。分店的销售业务由总部统一核算，统一申报缴纳增值税。
例1，某食品销售连锁企业在同城有3家直销连锁分店，均为小规模纳税人。2007年1月，甲分店实现销售收入（含税）200000元；乙分店实现销售收入（含税）300000元；丙分店实现销售收入（含税）400000元。作如下会计处理：
该业务应由总店计算、申报、缴纳增值税。
不含税销售收入＝（200000＋300000＋400000）÷（1＋4%）＝865384.62元
借：银行存款 900000
贷：主营业务收入 865384.62
应交税金——应交增值税 34615.38
借：应交税金——应交增值税 34615.38
贷：银行存款 34615.38
2、跨地区经营的直营连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部——地区总部——分店”的管理模式。即分店的所有账目必须并入地区总部账目，分店为报账单位，同时分店也应建立辅助账，并定期与地区总部对账，分店所有的资产、负债和损益都归入地区总部统一核算。连锁企业总部于年度终了后还应将地区总部的会计报表进行合并从而编制合并会计报表。
总部对地区总部的商品配送，总部作为销售处理，并开具增值税专用发票，地区分部可以此作为调入产品月份的进项税额申报抵扣。最后，由总部统一向总部所在地主管税务机关申报缴纳增值税。具体在会计处理上，由于总店与地区分部实行统一核算，地区分部只作备查记录或设置部分帐簿核算其自身的经营业务，在反映总店与地区分部调拨货物的业务上，可直接由总店统一核算或地区分部作部分帐务处理均可。
例2，某家具连锁总店，有2家跨地区连锁分店（增值税一般纳税人）。2007年1月，总店购进1000000元的家具，取得增值税专用发票，进项税金170000元，并已付款。由总店对跨地区连锁分店配送家具，开具增值税专用发票，其中：甲分店500000元，销项税额85000元；乙分店800000元，销项税额136000元。本月，甲分店销售家具600000元（不含税），乙分店销售家具900000元（不含税）。会计处理如下：
该业务由总分店分别计算，统一申报、缴纳增值税。
总店购进家具时：
借：物资采购 1000000
应交税金——应交增值税（进项税额） 170000
贷：银行存款 1170000
总店对跨地区连锁分店配送家具时：
借：应收账款——甲分店 585000
应收账款——乙分店 936000
贷：应交税金——应交增值税（销项税额） 221000
主营业务收入 1300000
跨地区甲分店收到家具时：
借：库存商品 500000
应交税金——应交增值税（进项税额） 85000
贷：应付账款 585000
跨地区乙分店收到家具时：
借：库存商品 800000
应交税金——应交增值税（进项税额） 136000
贷：应付账款 936000
跨地区甲分店销售家具时： 财软理财 www.fs119.net
借：银行存款 702000
贷：主营业务收入 600000
应交税金——应交增值税（销项税额） 102000
跨地区乙分店销售家具时：
借：银行存款 1053000
贷：主营业务收入 900000
应交税金——应交增值税（销项税额） 153000
由于跨地区经营的连锁企业调拨货物用于销售，属于《增值税暂行条例实施细则》规定的视同销售行为。财税[1997]97号文件规定了纳税地点：可以由总店汇总缴纳增值税。但总店也要根据视同销售的规定准确核算总店和分店的应纳增值税额。
甲分店应交增值税＝102000－85000＝17000元
借：应交税金——应交增值税（已交税金） 17000
贷：银行存款 17000
乙分店应交增值税＝153000－136000＝17000元
借：应交税金——应交增值税（已交税金） 17000
贷：银行存款 17000
总店应交增值税＝221000－170000＝51000元
借：应交税金——应交增值税（已交税金） 51000
贷：银行存款 51000
因此，总店应向其所在地主管税务机关申报缴纳增值税85000元。
企业设立统一核算总、分店进行生产经营活动的，总店在每期增值税纳税申报时，除向主管税务机关报送一般的报表资料外，还应注意填报《分支机构销售明细表》。该表适用于在异地设有统一核算分支机构的纳税人填报，凡总机构将货物移送到受货机构用于销售但仍由总机构统一开具发票，收取货款并统一纳税的情况，均应填列该表。
