（一）尾盘销售土地增值税扣除项目的确认
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
根据文件规定，清算后尾房销售或转让时，扣除项目金额＝单位建筑面积成本费用×当期销售面积。
（二）清算后尾盘销售的土地增值税纳税期限及申报
《土地增值税暂行条例》第十条规定：纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。
尾房销售时填报《清算后尾盘销售土地增值税扣除项目明细表》和《土地增值税纳税申报表（四）》（从事房地产开发的纳税人清算后尾盘销售适用）。
二、清算后尾盘销售土地增值税的计算
关于清算后尾盘土地增值税的缴纳，主要有两种方法，一种是以国税发[2006]187号为主导，按清算时“单位建筑面积成本费用”计算；另一种是以大连、广西、湖北等政策为代表，即尾盘销售可申请二次清算。诚然，清算方法不同，造成的土地增值税缴纳税金也不一样。
【案例】
金穗源房地产公司2012年开发20万平米商业楼，2014年工程全部竣工，截止到2014年6月共销售19万平米，销售收入为133000万，符合清算条件，清算时开发成本是62400万。另有500万成本没有取得合法票据，清算后取得。清算后该房地产公司又将余下1万平米房屋分2次销售，2015年5月销售4000平米，销售收入为2760万，2015年7月销售6000平米，销售收入为4080万，计算该单位清算时、清算后各应该缴纳的土地增值税。（忽略税金及附加）
（一）完工清算土地增值税的缴纳
①按照政策规定，案例中的房地产开发公司清算时房屋销售率达到95%，符合清算条件，则土地增值税计算：
清算时应缴土地增值税：
1.清算时收入＝133000万元
2.清算时的扣除项目总额=62400×95%×130%＝77064（万元）
3.增值额＝133000－77064＝55936（万元）
4.增值率＝55936÷77064＝72.58%
适用于第二档税率
5.应缴纳土地增值税＝55936×40%－77064×5%＝22374.4－3853.2＝18521.2（万元）
②清算后转让房地产应纳税：
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，计算过程如下：
1.清算时的单位建筑面积成本费用＝77064÷190000＝0.4056（万元/平米）
2.2015年5月扣除项目总额＝0.4056×4000＝1622.4（万元）
3.2015年5月增值率＝（2760－1622.4）÷1622.4＝1137.6÷1622.4＝70.12%
4.应缴纳土地增值税＝1137.6×40%－1622.4×5%=455.04－81.12＝373.92（万元）
5.2013年7月扣除项目总额＝0.4056×6000＝2433.6（万元）
6.2013年7月增值率＝（4080－2433.6）÷2433.6＝1646.4÷2433.6＝67.65%
7.应缴纳土地增值税＝1646.4×40%－2433.6×5%＝658.56－121.68＝536.88（万元）
（二）二次清算的应缴纳土地增值税计算
①清算时，土地增值税计算过程同上。
②清算后再转让房地产应纳税额：
1.《大连市地方税务局关于进一步明确土地增值税若干问题的通知》（大地税函[2007]200号）
在清算期间和清算后取得的转让房地产收入、发生成本、费用处理：
在“清算工作结束”后，有下列情形之一的，经主管税务机关核准，可于每年12月份调整清算结论：
A．已清算完毕的房地产开发项目又发生成本、费用的；
B．纳税人取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的；
C．主管税务机关认为可以调整清算结论的其他情况。
2.《广西壮族自治区地方税务局关于明确土地增值税清算若干政策问题的通知》（桂地税发[2008]44号）
关于房地产项目销售85%进行清算后再发生成本费用的，其成本如何确定的问题：
对房地产项目销售尚未结束前已清算，其后继续发生收支并取得合法有效凭证成本和费用的，可在项目销售结束之后据实进行重新调整。不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
3. 《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号、2013年3月20日、本文自2013年4月1日起执行）
关于房地产开发项目土地增值税二次清算问题
纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。
按照上述政策规定，案例中调整后应缴纳的土地增值税计算：
1.销售收入＝133000＋2760＋4080＝139840（万元）
2.开发成本＝62400＋500＝62900（万元）
3.扣除项目总额＝62900×130%＝81770（万元）
4.增值率＝（139840－81770）÷81770＝58070÷81770＝71.02%
5.调整后应缴纳土地增值税＝58070×40%－81770×5%＝19139.5（万元）
至此，两种方法计算缴纳土地增值税数额差异为=（18521.2＋373.92＋536.88）－19139.5＝19432－19139.5＝292.5（万元）
综上，我们可以看出，清算方法不同，计算的土地增值税税额也迥然不同。纳税人务必在确认当地清算规定的前提下，进行合理清算，避免由此给企业带来沉重税负。
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