土地增值税由税务机关来征收，主要由地方税务机关征收。土地管理部门，房产管理部门应当向税务机关提供有关的资料，并协助税务机关依法征收土地增值税。这些部门现在正在给税务部门进行合作，搞信息共享，像武汉、在杭州，在很多地方已经开始，就是房管部门和税务部门进行信息共享、联网。这是以后下一步发展方向，包括我们下一步房地产税收的改革，都离不开信息的支持。
土地管理部门、房产管理部门应当向税务机关提供资料，是指向房地产所在地的主管税务机关提供有关房屋及建筑的产权，土地使用权、土地出让金数额，土地基准地价，房地产市场交易价格，以及产权变更等方面的资料。因为现在我们的征税好多依据房地产、房管部门的数据。除了房的价格，还有普通住房、非普通住房划分标准问题，这个标准税务部门很难划分，所以基本上是按照房管部门他们划分的标准确定非普通住房和普通住房的界限标准。所以必须要提供这些合作和配合，不然税收征收管理很困难。
转让房地产取得收入的纳税人应当按照下列程序办理纳税手续，首先是纳税人在转让房地产合同签订七日内，到房地产所在地税务机关办理纳税申报，并向税务机关提供有关的产权，土地使用权的各种证书和资料。
对经常发生房地产转移，而难以每一次转让后申报的纳税人，经税务机关审核同意后可以定期进行纳税申报，具体期限由税务机关来确定。对预售商品房的纳税人，在签订售房合同七日内也必须到税务机关备案，并提供有关的资料。税务机关根据纳税人的申报，核定应纳税额并规定纳税期限，对有些需要进行评估的，要求纳税人先进行评估，然后再根据评估结果确认评估价格。
纳税人按照税务机关核定的税额以及规定的纳税期限缴纳土地增值税，对纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，税务机关可以预征土地增值税。纳税人应按照税务机关规定的期限和税额预缴土地增值税。土地管理部门和房地产管理部门应该协助税务机关依法征收土地增值税，向税务机关提供有关的房屋和建筑物的产权，土地使用权、土地出让金，土地基准价格，房地产产权交易价格，以及权属的变更等方面的资料，积极支持税务部门搞好土地增值税的征税管理工作。
