《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号），是自《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）之后，国家税务总局第一次就境外非居民企业转让中国居民企业股权的税务处理发布的规范性文件。该文件对非居民企业股权转让所得的企业所得税管理做出了明确规定，对许多通过境外控股公司在中国进行投资的企业产生了非常大的影响。笔者现就文件中的条款一一进行解读。
一、适用范围
（1）准确区分居民和非居民企业
文件规范的是非居民企业而不是居民企业的股权转让行为。因此，居民企业和非居民企业性质的区分很关键。
对于这个问题，《企业所得税法》第二条早有明确规定：居民企业，是指依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。非居民企业，是指依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。
（2）该文件规范的是非居民企业转让境内非上市居民企业的股权，因此并不适用于非居民企业在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票取得的所得。
二、重申非居民企业的申报义务
文件第二条就明确了，除非扣缴义务人已经按期如实扣缴了相关税款，否则，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关（负责该居民企业所得税征管的机关）申报缴纳企企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。
此处精神与《国家税务总局关于印发<非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》（国税发[2009]3号）第十五条规定是相通的，总局在此处再次重申其重要程度不言而喻。
三、股东留存收益不能在转让中扣除
文件规定，股权转让所得是指股权转让价与股权成本价之间的差额，不考虑被转让中国居民企业的未分配利润和税后提取的各项基金。
“股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。”这是一个重大的政策变化点。这个问题之前一直存有争议，总局在此处给出了明确答复。
四、币种确认
由于非居民企业投资时，投资币种往往是外币。在非居民企业股权转让所得时，如何进行外币的折算是一个非常重要的问题。对此，698号文给予了明确的规定：
（1）境外投资者如一次性投入或购买股权的，其股权转让所得计算应以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。
（2）境外投资者如果存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价。
（3）境外投资者如果多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
五、境外间接转让股权避税难
考虑到实际情况的复杂性，698号文只是针对境外投资方（实际控制方）间接转让中国居民企业股权，如果被转让的境外控股公司符合如下特征之一的：（1）所在地实际税负低于12.5%；（2）所在地对居民境外所得不征收企业所得税，此时，非居民企业负有自股权转让合同签订之日起30日内向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关递交相关资料的义务。
申报义务只是有助于税务机关发现有避税倾向的股权转让行为。因此，非居民企业提供的资料中要说明的核心问题就是设立这些特殊目的公司的合理商业目的。
六、间接转让、关联交易和多次股权转让审核加强
（1）境外投资方（实际控制方）通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的；
（2）非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的；
（3）境外投资方（实际控制方）同时转让境内或境外多个控股公司股权的，无法准确划分转让价格的。
如有上述情形税务机关有权重新定性或对转让价格进行调整。此处需注意：滥用组织形式的认定，须层报国家税务总局审核。
具体调整原则和调整方法参考国家税务总局关于印发《特别纳税调整实施办法（试行）》的通知（国税发[2009]2号）。
七、涉及特殊重组的情况
非居民企业取得股权转让所得，符合《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文件第七条规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，应向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合特殊性重组规定的条件，并经省级税务机关核准。
八、生效日期
该文件于2009年12月10日出台，但如新企业所得税法实施后的绝大部分补充规定一样，其效力追溯至2008年1月1日。
http://www.ntds.gov.cn/art/2011/4/2/art_1240_336030.html
