据笔者个人研读来看，该两份文件的税收政策调整之处不是简单地“原再投资支出抵补偿收入免税政策”的取消，而是更全面、规范地管理企业政策性搬迁所得税。理解如下：
一、40号公告与118号文件的主要不同点
（一）增强了法律级效层次。118号文件采用的是“国税函”的规范性文件，40号公告的发布采取了部门规章的形式，由规范性文件提升为部门规章，提升了级次层次。
（二）明确了存货处置收入不属于搬迁资产处置收入。118号文件没有明确规定，在企业搬迁中处置存货不属于搬迁资产处置收入，而40号公告第七条业已规定。
（三）明确购置资产支出不允许在搬迁收入中税前支出。118号文件只要求根据搬迁规划，有计划或立项报告，购置新的固定资产和土地使用权，就允许在搬迁收入中税前支出。40号公告第十四条业已规定。其实本内容的规定，40号公告更是符合企业所得税法的权责发生制的原则。
（四）明确土地置换支出允许在搬迁收入中税前支出。118号文件规定只要符合条件前提下，购置新的土地使用权能在搬迁收入中税前支出，而40号公告突出了土地置换支出
二、40号公告的意义及不足
（一）规范了搬迁收入中税前支出的范围和标准。明确了哪些项目能列支，列支的计价标准，同时也具有更强的操作性，减少了投机的空间。
（二）强化了创业的主业理念。该公告将118号文件中，符合条件的转换新的生产经营业务时，购置或建造新的固定资产和土地使用权在搬迁收入中税前支出予以细化，剥离出采取土地置换的，允许税前列支，其他都不允许在搬迁收入中税前支出，只得等到新的生产经营业务产生效益时，才允许税前扣除。引导、鼓励企业坚持创业守业的发展理念。
（三）体现了限制房地产业的思想。由于政策性搬迁中，一般反映出的是搬迁地势属于优势位置，最适房地产业的开发，往往会出现一些产业因搬迁而变现、盲目跟进地产业，出现地方政府部门愿意搬迁、企业也乐意搬迁的局面。
（四）加强了国家参与搬迁收入的再分配。该公告之所以将118号文件中转换新的生产经营业务的置或建造新的固定资产和土地使用权在搬迁收入中税前支出予以细化，主要是控制税收的流失，让国家更早更好地参与到搬迁收入中分配，防止分配不公现象。
（五）公告13条土地置换条款为留下不足空间。该条款主要反映出两点：一是只规定了企业搬迁中被征用的土地，只要采取土地置换形式，并没有规定置换来的土地用于什么；二是“该换入土地投入使用前所发生的各项费用支出”，“投入使用前”界定难以判断，会出现因人因地而宜状况。
| 国税函[2009]118号与2012年第40号税务总局公告对照表 | |||||||
| 序号 | 类别 | 项目 | 原政策（国税函[2009]118号） | 新政策（2012年第40号税务总局公告） | 差异项目 | ||
| 1 | 搬迁收入类 | 政策性搬迁收入 | 从政府取得的搬迁补偿收入 | 从本企业以外（包括政府或其他单位）取得的搬迁补偿收入 | 新政指出：处置存货不属于搬迁中的处置收入 | ||
| 处置收入 | 处置相关资产而取得的收入 | 搬迁而处置企业各类资产所取得的收入 | |||||
| 通过市场(招标、拍卖、挂牌等形式)取得的土地使用权转让收入 | |||||||
| 搬迁处置存货而取得的收入，按正常经营活动处理，不作为企业搬迁收入 | |||||||
| 2 | 取得价值形式 | 货币性和非货币性补偿收入 | |||||
| 3 | 搬迁支出类 | 从搬迁收入中，允许税前支出 | 根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务 | 购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权 | 搬迁费用支出 | 搬迁期间所发生的各项费用 | 新政指出：1、购置资产支出不能在搬迁收入中扣除；2、置换土地才能在搬迁收入中扣除； |
| 其他固定资产进行改良 | 资产处置支出 | 简单安装或不需要安装即可继续重新投入使用，按净值，继续计提折旧或摊销 | |||||
| 进行技术改造 | 大修理后才能重新使用，按净值加上大修理支出，继续计提折旧或摊销 | ||||||
| 安置职工 | 被征用的土地，采取土地置换的，按被征用土地的净值加上换入土地投入使用前所发生的各项费用支出，继续摊销 | ||||||
| 没有重置或改良固定资产、技术改造或购置其他固定资产的计划或立项报告 | 各类拆迁固定资产的折余价值 | ||||||
| 处置费用 | |||||||
| 从搬迁收入中，不允许税前支出 | 购置资产支出，不得从搬迁收入中扣除 | ||||||
| 4 | 应税所得 | 搬迁期间 | 规划搬迁次年起的五年内 | 搬迁期间,搬迁收入和搬迁支出，暂不计入当期应纳税所得额 | |||
| 完成搬迁 | 五年期内完成搬迁 | 完成搬迁的年度，搬迁收入和支出进行汇总清算 | |||||
| 完成搬迁的年度 | 五年 | 搬迁开始，5年内，或搬迁时间满5年 | |||||
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