答：首先，在会计处理上，因为原土地收回和新土地补偿是一揽子谈判达成的交易，虽然在法律形式上分别签署两个协议，并且从条款上也看不出两者之间存在直接联系，但是依据实质重于形式原则，还是应当视作一项交易进行会计处理，即本质上是"以地换地"的非货币性资产交换。根据《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》（财会〔2006〕3号）的规定，非货币性资产交换同时满足下列两个条件的，应当以公允价值和应支付的相关税费作换入资产的成本，公允价值与换出资产账面价值的差额计入当期损益：1.该项交换具有商业实质；2.换入资产或换出资产的公允价值能够可靠地计量。对不具有商业实质或交换涉及资产的公允价值均不能可靠计量的非货币性资产交换，应当按照换出资产的账面价值和应支付的相关税费，作为换入资产的成本，无论是否支付补价，均不确认损益。《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》（财会〔2006〕3号）第四条规定：满足下列条件之一的非货币性资产交换具有商业实质：（一）换入资产的未来现金流量在风险、时间和金额方面与换出资产显著不同。这种情况通常包括下列情形：1.未来现金流量的风险、金额相同，时间不同。此种情形是指换入资产和换出资产产生的未来现金流量总额相同，获得这些现金流量的风险相同，但现金流量流入企业的时间明显不同。2.未来现金流量的时间、金额相同，风险不同。此种情形是指换入资产和换出资产产生的未来现金流量时间和金额相同，但企业获得现金流量的不确定性程度存在明显差异。3.未来现金流量的风险、时间相同，金额不同。此种情形是指换入资产和换出资产产生的未来现金流量总额相同，预计为企业带来现金流量的时间跨度相同，风险也相同，但各年产生的现金流量金额存在明显差异。（二）换入资产与换出资产的预计未来现金流量现值不同，且其差额与换入资产和换出资产的公允价值相比是重大的。
这种情况是指换入资产对换入企业的特定价值（即预计未来现金流量现值）与换出资产存在明显差异。本准则所指资产的预计未来现金流量现值，应当按照资产在持续使用过程中和最终处置时所产生的预计税后未来现金流量，根据企业自身而不是市场参与者对资产特定风险的评价，选择恰当的折现率对其进行折现后的金额加以确定。
对非货币性资产交换是否具有商业实质，本质上可以归结为换入资产和换出资产的风险和报酬特征是否存在实质性差异。因为你公司换出和换入的土地都是商业用地，用途相同，所带来的未来经济利益的方式也相同，风险和报酬特征并未发生实质性的变化，所以没有商业实质，不应确认处置损益。应当按照换出资产的账面价值和应支付的相关税费，作为换入资产的成本。
其次，在土地增值税扣除上，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令〔1993〕第138号）第八条的规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税；《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号）第十一条规定：因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）对实施细则"因城市实施规划、国家建设需要而搬迁"进行了明确。因"城市实施规划"而搬迁，是指旧城改造或因企业污染、扰民（指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况；因"国家建设的需要"而搬迁，是指实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。因此，因规划调整，由政府收回的土地，应当是免征土地增值税。但是需要履行报批手续。如你所述，你公司土地置换业务，实质上可以分为政府收回土地、政府再出让土地两项业务。对政府收回土地使用权视同以公允价值即400万/亩确认增值税应税收入，其涉及的土地增值税减免，你公司应首先向主管税务机关提出减免税申请；在新地块进行商品房开发，土地成本应当按照置换时的公允价值即400万/亩确认。
再次，在企业所得税上，《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）第十三条规定："企业搬迁中被征用的土地，采取土地置换的，换入土地的计税成本按被征用土地的净值，以及该换入土地投入使用前所发生的各项费用支出，为该换入土地的计税成本，在该换入土地投入使用后，按《企业所得税法》及其实施条例规定年限摊销。"因为政府置换土地行为与企业政策性搬迁都属于政府行为，所以，土地置换也应当比照国家税务总局公告2012年第40号执行，即土地置换不确认处置损益，土地成本应当以原账面价值为计税基础计入开发成本。
http://www.chinaacc.com/shuishou/sskj/ckts/zh1501236655.shtml
