按时点分析，在建工程转让（包括转让不动产（在建工程和土地）的情况，转让土地等情况，多数为前者）可能有以下情况。
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转让时点 |
税务是否已批准/执行营业税差额征税 |
营改增后计税方式 |
是否可否扣减 |
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2016年5月1日前 |
是 |
简易 |
是 |
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一般 |
是 |
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否 |
简易 |
不确定 |
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一般 |
不确定 |
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2016年5月1日后 |
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简易（？） |
不确定 |
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一般 |
不确定 |
且根据36号文，可适用退税处理。
36号附件2 (十三)试点前发生的业务。1.试点纳税人发生应税行为，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至纳入营改增试点之日前尚未扣除的部分，不得在计算试点纳税人增值税应税销售额时抵减，应当向原主管地税机关申请退还营业税。
【政策解读】
在原营业税制度下，对特定情形给予了一些差额征收的政策，且由于纳税人个体收入和支出属期不同，会出现先取得收入，后可以差额的情况，也会出现收入确认少，差额确认多的情况。按照有关规定，国、地税的管辖权是确定的，并且每个税种对应的预算科目、预算级次都不一样，为了保证中央和地方财力划分、税款入库科目准确，明确了营业税下未减除完毕的部分在营改增后，不得在计算试点纳税人增值税应税销售额时抵减，应当向原主管地税机关申请退还营业税。
但，具体能否使用，可能会在地税这边有一定阻力，但政策是明确的，就看最后协调的结果了。
2、2016年5月1日前转让，但未取得税务备案或尚未执行的。因转让方开具的是营业税发票，即使受让方选择一般计税，也无法直接抵扣。
原则上可适用财税【2003】16号文，但鉴于处于过渡期，相关沟通难度较大。
3、2016年5月1日后转让，能够适用简易征收存疑。
可借鉴相关文件：
国家税务总局公告2016年第14号：
“第二条纳税人转让其取得的不动产，适用本办法。
本办法所称取得的不动产，包括以直接购买、接受捐赠、接受投资入股、自建以及抵债等各种形式取得的不动产。
第三条一般纳税人转让其取得的不动产，按照以下规定缴纳增值税：
（一）一般纳税人转让其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。
（三）一般纳税人转让其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5%的预征率向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。”
国家税务总局公告2016年第18号：
“第二条 房地产开发企业销售自行开发的房地产项目，适用本办法。自行开发，是指在依法取得土地使用权的土地上进行基础设施和房屋建设。
第三条 房地产开发企业以接盘等形式购入未完工的房地产项目继续开发后，以自己的名义立项销售的，属于本办法规定的销售自行开发的房地产项目。
第四条 房地产开发企业中的一般纳税人（以下简称一般纳税人）销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。
第五条 当期允许扣除的土地价款按照以下公式计算：
当期允许扣除的土地价款=（当期销售房地产项目建筑面积÷房地产项目可供销售建筑面积）×支付的土地价款
当期销售房地产项目建筑面积，是指当期进行纳税申报的增值税销售额对应的建筑面积。
房地产项目可供销售建筑面积，是指房地产项目可以出售的总建筑面积，不包括销售房地产项目时未单独作价结算的配套公共设施的建筑面积。
支付的土地价款，是指向政府、土地管理部门或受政府委托收取土地价款的单位直接支付的土地价款。
第八条 一般纳税人销售自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法按照5%的征收率计税。一经选择简易计税方法计税的，36个月内不得变更为一般计税方法计税。
第九条 一般纳税人销售自行开发的房地产老项目适用简易计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额，不得扣除对应的土地价款。”
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购买在建工程目前已经成为房地产企业拿地的一个非常重要的方式，涉及的税收利益十分大，有些案例达到了以亿计的税额。但是在建工程转让的关键税收政策却充满争议，不少企业在实践中遇到了难题，本文对在建工程转让的两个问题：土地成本的扣除和计税方式进行分析，以求寻找处于相同处境的案例，大家共同策划处理方法。搞明白，财税得香！
一、土地成本的扣除
（一）营业税的规定
转让在建工程能否扣除土地成本在营业税下就一直有争议。房地产企业转让在建工程一般需要完成投资总额的25%以上，在营业税下是按“销售不动产”税目来征税，对该问题的规定是财税【2003】16号文：“二、关于适用税目问题（七）单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其它建设项目。”
在确定营业额方面，财税【2003】16号文规定：“三、关于营业额问题（二十）单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。单位和个人销售或转让抵债所得的不动产、土地使用权的，以全部收入减去抵债时该项不动产或土地使用权作价后的余额为营业额。”对该条规定的理解有争议，一种观点是销售或转让不动产扣除的是不动产的原价，销售或转让土地使用权扣除的是土地使用权的原价，该观点认为在受让的土地上建造构筑物，转让时已不是土地使用权，因而转让在建工程时不能扣除土地成本；另一种观点是销售销售或转让不动产扣除的是不动产的原价和土地使用权的原价，该观点认为转让在建工程可以扣除土地成本。
上述营业税时代的做法充满了地方特色，从实践的案例来看，两种做法都有税务局执行。
（二）增值税的规定
财税【2016】36号文实施后，对在建工程转让是否能够扣除土地成本没有明确规定，但是从相关文件的规定分析来看，在建工程扣除土地成本应该还是能够得到支持的。18号公告第二条规定房地产开发企业销售自行开发的房地产项目，适用本办法。自行开发，是指在依法取得土地使用权的土地上进行基础设施和房屋建设。从上述规定来看，房地产企业转让在建工程可以适用18公告，那么如果企业选择一般计税方法，则完全可以按照18号公告第四条的规定扣除土地成本。
但是从“营改增”实施以来，不少企业反映税务机关在该问题的处理上，明确表示在建工程转让不能扣除土地成本，而且有些朋友和总局也沟通过，得到的答复也是不能扣除土地成本，具体理由不明，推测税务机关不允许扣除土地成本的原因是涉及的税额巨大，不愿担责任。但这完全没有道理，对此笔者认为转让在建工程扣除土地成本的理由十分充分：
一是转让企业选择一般计税，如果不能扣除土地成本，下家购买在建工程后继续开发，按照上家缴纳的增值税进行抵扣，这种情况下该项土地成本将自始至终没有得到抵扣，这和18号公告的初衷是相违背的。
二是房地产企业转让在建工程完全符合18号公告的规定但却不能扣除土地成本，毫无道理。
在建工程转让能否扣除土地成本影响巨大，对此总局不应再做鸵鸟，不回应不是解决问题的态度，照目前总局的秉性，大家一定要呼吁，争取让总局尽快下文来解决问题，建议大家将有关案例集中起来，统一向总局反映。
