货物运输代理实际工作中包括货主委托货代商代理，也包括货代商与货代商之间的代理。另外，广义的货物运输代理还可以包括船舶代理。
讨论的起因
2012年6月29日发布的《财政部 国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的补充通知》(财税【2012】53号)规定，船舶代理服务统一按照港口码头服务缴纳增值税。《财政部国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》（财税[2011]133号）第四条中“提供船舶代理服务的单位和个人，受船舶所有人、船舶经营人或者船舶承租人委托向运输服务接收方或者运输服务接收方代理人收取的运输服务收入，应当按照水路运输服务缴纳增值税”的规定相应废止。这一规定引发了中国财税浪子王骏进一步了解和探讨各地针对广义货物运输代理发票开具和计税方式的兴趣，包括试点增值税和传统营业税。
另外，根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税【2005】165号）文件规定第七条第（三）项规定，一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。不难看出，代理业如何开具发票也会影响下游企业增值税一般纳税人的进项税抵扣。
在目前的实际工作中，各地对于货物运输代理可以实行营业税差额征税政策是基本没有异议的，但各地允许的扣除项目却并不相同。另外，各地对于发票如何开具也有不同的要求。
1、广西模式
2011年12月16日发布的，《广西壮族自治区地方税务局关于营业税涉税发票开具有关问题的公告》（公告【2011】11号）第一条“关于货运代理业务发票开具问题”规定，根据《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》（国税发[1995]76号）关于“代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬”的规定，对货运代理业务中，委托方将运输业务委托给代理方，代理方将承揽的运输业务全部或部分分给运输方，代理方取得中介服务费的情形，发票开具按以下方式之一处理：
其一、运输方按其从代理方取得的全部价款和价外费用按规定给代理方开具公路内河货物运输业发票；代理方按与委托方结算的全部价款和价外费用按规定给委托方开具运输代理服务专用发票或通用机打发票、通用手工发票和通用定额发票，同时以运输方开具的公路内河货物运输业发票等合法有效凭证为扣除凭证，扣除支付给运输方的运输费用及其他税收政策规定扣除项目后，按规定缴纳营业税。
其二、运输方按其从代理方取得的全部价款和价外费用直接给委托方开具公路内河货物运输业发票；代理方按其从委托方取得的中介服务费按规定给委托方开具运输代理服务专用发票或通用机打发票、通用手工发票和通用定额发票，同时以合法有效凭证为扣除凭证，扣除税收政策规定扣除项目（如代理报关等）后，按规定缴纳营业税。代理方自身承担运输业务的，取得的运输收入按有关规定征收营业税，并给委托方开具公路内河货物运输业发票。
2、深圳模式
《深圳市地方税务局关于国际货物运输代理业营业税征税问题的批复》（2001年9月18日
3、北京地税模式
根据《北京市地方税务局关于对代理业征收营业税问题的补充通知》（京地税营【2001】507号）文件规定：包装托运、货运代理业务属于代理服务业务，应按照营业税服务业税目，依5%的税率征收营业税。其营业额为取得的全部业务收入减除实际代为支付的运输标的直接费用后的余额。运输标的直接费用包括：保险费、陆路运费、海运费、空运费、关税、海关代征增值税、包装费、仓储费、报关费、代缴港杂费、三检费、装卸搬运费。对列举范围以外，确属运输标的直接费用的，经纳税人申请，主管地方税务机关审核后，报市局批准。
4、江苏模式
按照苏地税一函【2006】3号文即《江苏省地方税务局关于印发〈营业税计税营业额扣除项目管理操作意见〉的通知》规定：货物运输代理业务。运输代理的营业额为其向客户收取的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用。上述所称“其他代理费用”是指：支付给海空陆港的港口建设费、铁路建设基金；支付给海关的报关费；支付的集装箱费用（包括堆存费、提箱费、装箱费、拆箱费、洗箱费）；支付的货物保险费；支付给运输代理单位的代理费；经省地方税务局确认的其他费用。
我们的观点：货物代理的关键在于货代商本身不会对承接的本单业务提供交通运输劳务，而会将其全额转包给一家或者多家实际承运人来承运。也有可能一家货代商承接业务后再将其转包给另外一家货代商再由其接着转包给实际承运人。货代商的利润来源包括两大部分：一是货代手续费、代理费、佣金；二是吃运费差价。相对而言，如果货代商需要吃运费差价，一般就愿意自己在向委托人开具发票时开具发票中单独注明代收的运费，再由实际承运人向自己开具运输发票作为自己差额扣除的凭据。货代商所吃的运费差价不能按照3%来交交通运输的营业税，也应按照5%来交代理业的营业税。同样这个问题如果放在营改增以后，货代商所吃的运费差价也不能按照11%来交交通运输的增值税税，而应按照6%来交物流辅助税目的营业税。现在在实际工作中，有的运输企业也是既从事运输服务，又从事货代服务，使得实际操作变得复杂。
目前对于货代行业的开票方式和差额计税有哪些具体规定？各地的操作方式有何不同？上海施行营改增以后这个事态如何发展？请大家补充提供各地的政策，尽量提供文件依据，内容上可以涵盖一般货物代理并包括国际运输代理和船舶代理等特殊业务。我的邮箱TP@TAX800.COM 【中国财税浪子王骏2012年7月18日】http://blog.sina.com.cn/s/blog_493cd61c0102ed36.html
