我国目前实行的是一种对非营利事业给予税收豁免的政策。即，对非营利组织从事与其宗旨有关的非营利活动所取得的收入及相关的财产和行为给予免税待遇；而对非营利组织从事与其宗旨无关的营利性活动所取得的收入及相关的财产和行为则要课税。但是，这种税收政策并非通过某一个法律文件或行政法规加以明确表述，而是寓于现行的若干具体税种的制度规定之中。
1)流转税制度中对非营利组织课税的特殊规定。
我国的流转税包括增值税、消费税、营业税和关税等四个税种。其中，增值税和关税规定，对直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备和由残疾人组织直接进口供残疾人专用的物品免税。此项规定显然是针对科研、教育机构和残疾人福利组织的。消费税的课征范围仅限于非必需品，故该税种没有针对非营利组织做出特殊优惠规定。营业税制度适用于非营利组织的税收优惠规定较多，主要内容包括：对托儿所、幼儿园、养老院、残疾人福利机构提供的育养服务，婚姻介绍、殡葬服务免税；对医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务免税：对学校和其他教育机构提供的教育劳务免税；对纪念馆、博物馆、文化馆、美术馆、展览馆、书画院、图书馆、文物保护单位在自己的场所举办属于”文化体育业”税目征税范围的文化活动销售第一道门票的收入，以及寺庙、道观、清真寺和教堂等宗教场所举办文化、宗教活动的门票收入免税。
2)所得税制度中对非营利组织课税的特殊规定。
(1)企业所得税：对科研机构和高校服务于各业的技术成果转让、技术培训、技术咨询、技术服务、技术承包所取得的技术性服务收入．暂免征收所得税：高等学校和中小学校办工厂自身从事生产经营所得．暂免征收所得税；高等学校和中小学校举办各类进修班、培训班的所得．暂免征收所得税。此外．在1997年10月财政部和国家税务总局颁布的《关于事业单位、社会团体征收企业所得税有关问题的通知》和1999年4月国家税务总局颁布的《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》中，前者规定，事业单位和社会团体的收入，除财政拨款和国务院或财政部、国家税务总局规定免征企业所得税的项目外．其他一切收入都应并入其应纳税收入总额，依法计征企业所得税。并明确列举了九项免税收入，包括：① 经国务院及财政部批准设立和收取，并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的政府性基金、资金、附加收入等；② 经国务院、省级人民政府批准或省级财政、计划部门共同批准，并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的行政事业性收费；③ 经财政部核准不上缴财政专户管理的预算外资金：④ 事业单位从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入：⑤ 事业单位从其所属独立核算经营单位的税后利润中取得的收入；⑥社会团体取得的各级政府资助；⑦ 按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；⑨ 社会各界的捐赠收入；经国务院明确批准的其他项目。后者则规定了对事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税进行计算、征收和管理的具体办法。
(2)个人所得税．税收优惠主要是对向非营利组织的捐赠者做出的。按照规定，个人向慈善公益机构捐增在个人年应纳税所得额30％以内的部分．准许税前扣除。
3)其他税种对非营利组织课税的特殊规定。
除流转税和所得税之外．财产税、行为税的部分税种也针对非营利组织做出相关规定。主要包括：房产税、城镇土地使用税规定对人民团体、由国家财政部门拨付事业经费的单位、以及宗教寺庙、公园、名胜古迹等非营利组织自用的房产和土地免税：并规定对企业办的各类学校、医院、托儿所、幼儿园自用的房产和土地可比照由财政部门拨付事业经费的单位自用的房产和土地免税。车船使用税规定对人民团体和由财政部门拨付事业经费的单位自用的车船免税。契税规定事业单位、社会团体承受土地、房屋直接用于办公、教学、医疗、科研的，免税。印花税规定对非营业性账簿免税等。
(二)对非营利组织课税现行规定存在的问题
1）缺少针对非营利组织的税收立法原则。
由于我国现行法律体系中没有非营利组织的明确定义和对非营利组织的确认标准．从而使我国有关非营利组织的课税政策完全分散于各个税种之中，相互间缺乏衔接与配合．甚至存在矛盾。比如，现行房产税和城镇土地使用税规定对宗教寺庙自用的房屋和土地免税，营业税也对宗教机构举行宗教、文化活动取得的门票收入免税，但农业税却对有农业收入的寺庙(含清真寺、喇嘛庙、僧寺和尼庵．道观以及天主教、基督教的教会等)课征。
2）有些税收政策已不适应目前经济社会发展的要求。
现阶段，我国存在着大量非公有制的非营利组织。其中不仅有我国公民发起设立的，也有境外非营利组织在我国境内设立的分支机构。而这些民办的非营利组织通常是无法得到政府财政资助的。那么．再实行诸如“接受财政部门拨付事业经费”为前提划分征、免界限这类税收政策，就显然缺乏合理性了。按照国际通行的做法．对于非营利组织．不论其是否由政府资助．只要合乎规定的标准．均应被确认为免税组织。
此外，对事业单位、社会团体和民办非企业单位的收入是否纳入财政预算管理或预算外资金专户管理来划分所得税征免界限也很值得推敲。因为只有“实行收支两条线”的公有制单位的收入才有可能直接纳入财政预算或预算外资金专户管理。以此划分征免界限的结果是使非公有制单位的收入不能享受免税待遇。
3）对非营利组织的税务管理方法不够完善。
我国的税务管理是以《税收征管法》为主要依据的，但在该法律中，对非营利组织的管理办法不尽完善。比如，税务登记是税务机关对纳税人实施税务管理的首要环节和基础性工作，也是纳税人必须依法履行的义务。通过税务登记，可使税务机关了解纳税人的实际情况，依法实施税务管理。按照我国《税收征管法》及其《实施细则》的规定：企业和从事生产、经营活动的事业单位应自领取营业执照起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。并要求工商行政管理机关将办理登记注册、核发营业执照的情况定期向税务机关通报。以利于税务机关监督纳税人履行税务登记义务。而对不从事生产、经营活动，但取得应税收入、发生应税行为或者拥有应税财产，依照法律、行政法规规定负有纳税义务的单位，则规定其应在纳税义务发生之日起三十日内持有关证件向所在地主管税务机关申报办理税务登记。由于非营利组织大多数未申领工商营业执照，所以税务机关在对其进行登记管理过程中也无从得到来自工商行政管理机关的相关信息。加之此类纳税人纳税义务的发生又往往是非持续性的。因此，如果非营利组织发生纳税义务后不主动履行税务登记义务，极容易游离于税务管理范围之外。
4）非营利单位的财务、会计处理方法与税法规定存在较大差异，给税收征纳造成困难。
(1)收支确认原则不同。
税法规定：纳税人收入、支出的计算应以权责发生制为原则。而事业单位会计准则规定，事业单位会计核算，“一般应采用收付实现制，但经营性收支业务核算可采用权责发生制。”而且，在实践中，为简化核算起见，非营利组织的经营性收支业务核算往往采用与非经营收支相同的收付实现制原则。
(2)费用扣除规定不同。
税法规定：“事业单位、社会团体、民办非企业单位的职工工会经费、职工福利费、职工教育经费，分别按照计税工资总额的2％、1 4％、1．5％计算扣除，但原来在有关费用中直接列支的，在计算应纳税所得额时不得扣除”。而且规定“在计算应纳税所得额时，已扣除职工福利费的，不得再扣除医疗基金。这实质上是对非营利组织采用了与企业相同的费用扣除标准。但执行事业单位财务、会计制度的非营利组织通常并不按税法规定的标准计提职工福利费，其计提标准往往低于税法规定，而将有关费用直接计入事业支出”等账户中。
(3)资产的财务、会计处理方法与税法规定存在较大差异。
在税法中事业单位、社会团体、民办非企业单位的各项资产应按照税法规定的标准计价、计提折旧和摊销。但从实际情况看，非营利组织财务、会计对各项资产的处理办法与税法规定多有不同甚至相悖之处。
二、完善我国非营利组织课税制度的对策
(一)完善相关立法，确立非营利组织的法律地位及基本税收政策。
1．建议修订《民法通则》，将政府机关和非营利组织法人确立为与企业法人相对应的民事行为主体。目前非营利性已经不再是我国事业单位的共同特征，企业与事业单位之间的界限也变得比较模糊。故此，应当依据设立宗旨不同将法人划分为企业与政府机关和非营利组织两类，并明确规定非营利组织的定义和应具备的条件。
2．建议在即将制订颁布的《税收基本法》中规定对非营利组织的确认标准和基本税收政策。我国的《税收基本法》正处于立法准备过程中．税收基本法作为税法中的母法，应申明有关非营利组织的基本政策。建议在即将出台的税收基本法中与《民法通则》相衔接，规定非营利组织的确认标准，并明确对非营利组织的基本税收政策。非营利组织的确认，应借鉴国外通行的标准，从其财务资源的来源、设立宗旨等方面加以考核。对符合标准者，应给予免税组织资格。对非营利组织用于支持实现其宗旨的收入和财产应予免税：但对其与自身宗旨无关的收入和财产，则应依法课税。
3 建议修订《税收征管法》及其实施细则》，规定非营利组织必须向税务机关办理税务登记，登记其注册资本(资金)额及其来源、经营活动宗旨及其范围、财务资源补偿机制以及财务管理办法等内容。由税务机关核定其税收征、免范围。对取得免税组织资格的非营利组织，亦应令其按年度向税务机关报送财务会计报告等资料，以便税务机关实施监督管理，防止出现漏征、漏管。
(二)制定与税法相协调的非营利组织会计准则
我国大多数非营利组织目前所执行的事业单位财务规则、会计准则和会计制度已经不能适应经济社会发展要求。财政部门和会计学界正在积极准备制订我国的非营利组织会计准则及会计制度。鉴于我国非营利组织目前执行的财务会计处理办法与税法之间的过多差异已成为影响其计算、缴纳所得税的重要因素。建议在制订我国非营利组织会计准则和会计制度时应注意借鉴国外的经验，力求使非营利组织适用的会计规范与税法相协调。在此方面，美国的非营利组织公认会计原则(Generally Accepted Accounting Principles for Not—profit Organizations) 为我们提供了良好的范例。例如，美国的大中型非营利组织多采用权责发生制原则进行会计记录，但许多小型非营利组织则习惯于采用比较简便的收付实现制原则。针对这一情况，美国的非营利组织公认会计原则，要求非营利组织编制的财务报告必须以权责发生制为基础。平时采用收付实现制进行会计记录者在编制财务报告时须按照权责发生制原则加以调整，从而与税法规定协调一致。
(三)构建完善的非营利组织税务会计体系
企业税务会计，国内外广有著述，其内容、体系、方法已较为成熟，近年来在我国应用也日渐普遍。但适用于非营利组织的税务会计在国内尚属空白。这必然对非营利组织的税收征纳工作造成不利影响，对所得税征纳工作影响尤甚。因此，构建完善的非营利组织税务会计体系应是改善非营利组织课税环境的重要途径。
