一般来讲包工不包料的工程，施工单位只就劳务费金额开票。但在开具建筑业发票时，税务人员要调查清楚料工费之和，建筑施工单位除执行项目登记制，合同备案制外，在取得建筑业发票或纳税时，必须由对方（建设单位）出具证明有无甲供材料行为，税务有关人员调查核实后，税务机关方可按劳务费金额开票，按料工费全额纳税，目的是为防止施工单位仅就人工费和部分材料缴纳营业税。
开劳务费金额发票后，税务人员征收不包料者按包料者的材料的税收，即施工单位应当按料工费全额缴营业税。甲方将购买材料的发票可以直接入账，并没有违反《中华人民共和国发票管理办法》。一般来说，建设单位新建一项工程包工不包料，工程验收后，工费可取得建安发票，自购材料取得普通发票，可视不同情况分别进工程物资、在建工程、固定资产科目。税务机关若要求包工不包料施工单位开具全额（含甲供材料）发票的做法则是不对的。
但税务征收服务厅在开具发票时，可建设单位提供的原材料价款金额单张开票，并注明不得作为建设单位支出凭证，由施工单位作为应缴税金附件备查，但开具完税凭证时，必须将甲供材料与施工劳务收入一并纳税。
建筑工程按劳务金额开票，建筑方应当按全额缴营业税，实际工作中能严格这样做的很少。
还有一种情况是施工单位有代购材料的开票问题。如某工程公司，工程施工合同约定的是包工不包料，工程公司先代购买一部分材料用于施工，工程完毕后把工程款和材料款一起开票给对方建设单位，对方建设单位按发票数额付款，缴纳营业税是按开票数额的，可是公司按发票数额缴纳3%的营业税（因为发票里含有垫支的材料款），就造成多缴税款了。而且自己代垫购买材料的发票也不能入账（因为工程施工合同签订的是包工不包料）。怎样才能把材料款和工程收入区分开并进行合理缴税呢？如果施工单位有代购材料，材料发票一定要开发包方名称，取得的材料发票不要入该单位账目，只按支付款挂往来账，工程结束后，只开工程款发票，将材料发票及工程发票一同交给发包方即可。
