商标使用费属于特许权使用费之一，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第二十条定义，是指企业提供专利权、非专利技术、商标权、著作权以及其他特许权的使用权取得的收入，按照合同约定的特许权使用人应付特许权使用费的日期确认收入的实现。商标权是单一性质的法定权力，又称商标专用权，是指经依法注册商标的所有权人支配其注册商标并禁止他人侵害的非他性权力，包括商标权人对其注册商标的排他使用权、收益权、处分权、续展权和禁止他人侵害的权力等。
《实施条例》第四十九条规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。不过子公司使用母公司的商标所支付的商标使用费，不属于该条规定的不得税前扣除的特许权使用费。由于母公司与子公司属于不同独立法人企业，存在着控制与被控制的关联关系，应当按照独立企业之间的公平交易原则来确定商标使用费的价格，作为企业正常的费用进行税务处理。综上所述，子公司使用母公司的商标所支付的商标使用费，母公司应当按照企业间的独立交易原则来确认收入，子公司支付的商标使用费只要符合关联企业之间的规定，就可以计入费用在税前扣除。
