在现行市场经营活动中，企业之间的分工日益精细化和专门化、专业化，特别是大型集团化企业，从节约企业成本角度等考虑，对于企业的特定生产经营活动，由母公司或核心型企业集中完成，较之各企业自己单独去完成，可能更为节约，所以就出现了企业之间特别是集团化企业之间提供管理或者其他形式的服务这种现象，也产生总机构管理费税务处理的问题。
《企业所得税法》第四十九条规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。
国家税务总局又发布文件国税发[2008]86号《关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（以下简称国税发[2008]86号）规定如下:
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的有关规定，现就在中国境内，属于不同独立法人的母子公司之间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题通知如下：
一、母公司为其子公司（以下简称子公司）提供各种服务而发生的费用，应按照独立企业之间公平交易原则确定服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理。
母子公司未按照独立企业之间的业务往来收取价款的，税务机关有权予以调整。
二、母公司向其子公司提供各项服务，双方应签订服务合同或协议，明确规定提供服务的内容、收费标准及金额等，凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税；子公司作为成本费用在税前扣除。
三、母公司向其多个子公司提供同类项服务，其收取的服务费可以采取分项签订合同或协议收取；也可以采取服务分摊协议的方式，即，由母公司与各子公司签订服务费用分摊合同或协议，以母公司为其子公司提供服务所发生的实际费用并附加一定比例利润作为向子公司收取的总服务费，在各服务受益子公司（包括盈利企业、亏损企业和享受减免税企业）之间按《中华人民共和国企业所得税法》第四十一条第二款规定合理分摊。
四、母公司以管理费形式向子公司提取费用，子公司因此支付给母公司的管理费，不得在税前扣除。
五、子公司申报税前扣除向母公司支付的服务费用，应向主管税务机关提供与母公司签订的服务合同或者协议等与税前扣除该项费用相关的材料。不能提供相关材料的，支付的服务费用不得税前扣除。
根据上述文件，总机构管理费应按如下方式税务处理：
1、集团企业总部向其子公司分摊收取的管理费以及企业集团内部核心企业向紧密型联合企业、半紧密型联合企业、松散型协作企业收取的管理费用不能在上缴管理费的公司中作为费用列支。
2、集团化企业之间提供管理或者其他形式的服务，应按照独立企业之间公平交易原则确定管理服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理，双方之间应该签订符合独立交易原则的服务合同或协议。
3、母子公司之间在共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本以及其他各种服务提供方面按照独立交易原则进行计算确认。
4、按照独立交易原则母子公司之间提供服务支付的费用应该开具符合规定的发票，母公司确认为营业收入缴纳相应流转税，子公司相应计入成本费用处理。
5、2008年1月1日以前提取未用完的管理费，税法未明确处理方式。
6、《企业所得税法》是以法人组织为纳税人，实行由法人汇总纳税。非法人分支机构上交管理费，总公司收取的管理费是对价关系，通过会计合并报表来结零，通过总分机构自动汇总得到解决，不会影响企业所得税应纳税额的计算。
