证券经营机构存在的主要问题
一是是否存在欺诈行为。如自营业务与代理业务混合操作；保证客户的交易收益或者允诺赔偿客户的投资损失；将代客户保管的有价证券挪作他用；超额卖出国债，以满足自身资金需要等。
二是违规经营，以获取非法收入。如为客户融资，即透支；通过合谋或集中资金操纵证券市场价格；借用客户账户用于自营买卖；向银行或非银行机构、企业或事业单位违规融资，吸揽资金。
三是会计核算不完整，存在账外经营。如隐瞒代理收入、自营收入、透支利息收入、违规融资行为及其收益支出，以及其他与之有关的问题。
证券公司审计的内容和一般方法
证券经营机构审计的主要环节有二：一是资金；二是账户。
首先是资金。证券经营机构的资金规模，直接关系到其抵御风险能力以及盈利水平的高低。因此，证券经营机构多多少少患有一定程度的“资金饥渴症”，存在资金扩张的内在和外在动力。这一方面出于追求利润最大化的结果；另一方面，由于以往年度违规经营造成大量资金沉淀呆死，为弥补头寸，维持正常经营而需要融入资金。对证券公司的资金进行审计，一是通过调阅总结、业务报告等有关资料，了解证券公司当年业务种类与重点，并判断公司是否存在对巨额资金的需求；二是重点审查银行账户和自营账户中大额资金往来，了解其会计核算是否完整；对其中属于客户的资金，审查其来源是否正当，债权债务关系，是否存在为客户融资的问题；三是通过对违规融资的审查，进一步查实违规收入的处理处置情况。
其次是账户。关于证券经营机构在银行的账户，在这里主要谈一谈保证金账户的审查。由于证券公司可以为客户设立账户，并具有清算、转账和提现方面的功能，因此利用客户保证金账户做假的现象也非常普遍。通过对开销户的审查，可以揭示出证券公司违规融资、账外经营、操纵股市、“小金库”等违法违纪问题。一是要求提供与自营账户有关的资料，如开户许可、账户流水等，审查自营账户的合法性（以D字头开设并以公司名义登记）、资金类源是否合法、有无可疑的资金往来。二是调阅开销户登记，对以公司或公司职员名义开设的、身份证号码不规范的、与自营账户有往来的账户，应重点审查。三是调阅百万元以上大户账户清单，对其中存在透支、账户名称不合逻辑的要重点关注。
证券公司审计应注意的几个问题
一是要讲求审计深度。由于我国证券市场尚处于发育发展阶段，规章制度尚不健全，在许多方面存在合法性与合理性的争论。比如资金问题，一方面法律规定上严禁证券经营机构从银行或非银行金融机构融资，严禁向其他企业或事业单位融资；但另一方面，由于金融三角债，大量资金沉淀坏死，出于生存的需要，证券经营机构又不得不大量融资。同时，在融资渠道上的限制，不同时期又有不同的要求。当股市高涨，投机心理严重时，中央就会加强对证券公司融资渠道的控制，并严厉处罚乱融资的行为；当股市低迷，人气不旺时，中央在这方面又有所放松。因此，对证券公司融资方面的限制，也是中央宏观调控的一个手段。因此，我们对证券公司进行审计，不能仅就问题而查问题，要分析问题产生的根源、危害程度，以求更加全面地反映问题，并采取适当的处理处罚措施。如在透支问题上，就不能只做简单的统计，要查清具体损失金额。
二是要注意原始资料的搜集。由于会计反映和监督的重要性要求，会计记录也因此有所取舍和侧重，不可能对所有事项都按实际发生的时间作逐笔记录，审计人员面对的是经过数道手续反复加工以后形成的会计资料，同时也由于目前证券公司会计核算不规范，不严谨，要求也不明确，因此在审计时，有必要对会计资料的形成过程进行了解，必要时调用与之相关的各类业务原始记录，如有关台账、账户流水等，以保证审计人员能够全面占有各方面的资料，通过相互比较和验算，检验会计资料所反映事实是否全面完整。如在审查自营证券差收收入时，首先应了解自营账户的设立和自营资金的管理；其次是取得自营账户的资金流水记录，并抽取其中一定数量的业务及资金往来，以确认会计记录的全面完整。最佳方式是直接通过计算机系统查阅有关资料。
三是要突出重点。突出重点的前提，是必须了解当前包括被审计对象在内的证券经营机构在经营管理过程中存在的主要问题，这样才能做到有的放矢。
