一、项目公司设立阶段：
1、在项目公司设立及融资阶段，PPP项目涉及增值税非货币性资产出资、根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），出资属于股东让渡作为出资标的的非货币性资产获取了股权，属于增值税意义上的应税行为，股东应就非货币性资产出资缴纳增值税，相应的，项目公司作为增值税服务的接受方，在取得股东开具的增值税专用发票、予以认证后可以抵扣进项。
2、就银行贷款而言，在增值税上，金融业“营改增”后，银行提供贷款服务属于增值税范畴内的应税服务，银行应缴纳增值税，但根据相关税收政策，项目公司购买贷款服务所取得进项税额不得从销项税额中抵扣（也就是说利息不能抵扣）。股东借款的税务处理与银行贷款相似。
3、就融资租赁而言，在税法上，融资租赁可以分为直租型融资租赁和融资性售后回租两类，两类融资租赁的税务处理并不相同。在增值税方面，“营改增”后两种融资租赁的税务处理并不相同，直租型融资租赁的出租人应按动产租赁服务税目缴纳增值税，项目公司可就取得的进项税额进行抵扣；而融资性售后回租业务的出租人却应按贷款服务缴纳增值税，相应的，项目公司购买贷款服务所取得进项税额不得从销项税额中抵扣。
二、项目建设运营过程中的税务处理：
由于目前我国对PPP项目建设运营，没有统一的税收政策，而是散布于多个税种的政策文件或税务总局的通知或答复函中，并没有形成统一的权威性的说法，根据我司咨询实践，发现各地区税务部门对政府付费/补贴是否须项目公司缴纳增值税及增值税适用税率按“建筑业”11%，还是按“服务”6%计取，莫衷一是。
1、项目公司计税方式的选择
（1）采用一般计税的处理方式：
目前绝大多数PPP项目均按一般计税的方式考虑。建设阶段，项目公司将建筑工程承包给施工企业的，施工企业按建筑业增值税纳税人，按其工程承包额缴纳增值税。项目公司作为发包方按项目全部工程建设成本出所取得可抵扣的进项税额。在运营阶段项目公司对所取得的收入按照其销售的货物、服务适用的税率计税。在该模式下项目公司为平衡自身税负，更倾向于取得尽可能多的增值税专用发票用以抵扣进项税额。
霍山县某路网PPP项目在合同中约定施工单位向项目公司开具工程费用增值税发票，工程费用和对应的增值税纳入总投资，税点为11%；项目公司获取可用性服务费及绩效服务费时向政府方以一般纳税人、适用税点6%向政府方开票，项目公司进项税可以抵扣销项税，若出现抵扣额不足时，由政府方承担。若将来税务政策不同时，根据政策规定调整。
（2）采用简易计税的处理方式：
根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改增值税试点的通知》（财税[2016]36号）相关规定，建筑业营改增后，当为甲供工程（指全部或部分设备、材料、动力由工程发包方自行采购的建筑工程）提供建筑服务，可以选择简易计税方法计税。
就传统甲供工程而言，由于甲供材等由发包方（即项目公司）进行采购，相应进项即由发包方取得。施工企业对于甲供工程的税务处理存在一般计税和简易计税两种方法，可以由施工企业自行选择。若为一般计税，施工企业就其取得的收入按11%的税率计算销项税额，同时抵扣相关增值税进项；若为简易计税，施工企业须缴纳的增值税=（业务收入-分包额）*3%，不得抵扣增值税进项。
于是有一些PPP项目公司尝试以甲供材的方式通过简易计税的方式来达到降低自身增值税负和税费风险的目的。根据分析在满足以下前提条件时理论上可实现项目公司的简易计税：
情形一，社会资本采购时，项目仍处于投资概算阶段，政府方无法编制建安工程费的预算，采购文件中明确项目建设材料、设备或动力等部分或全部由政府方提供，且后期在PPP项目合同及施工承包合同中明确采用简易计税的方式。
情形二，社会资本采购时，政府方将建安工程费设置为竞标报价内容，政府方须按简易计税的方式编制清单控制价，采购文件中明确项目建设材料、设备或动力等部分或全部由政府方提供，且后期在PPP项目合同及施工承包合同中明确采用简易计税的方式。
目前尚无PPP项目公司采用“简易计税”的纳税模式，且政府方在采购时一般不会考虑采用简易计税的方式编制清单控制价。根据（财税[2016]36号）相关规定第三条规定一般纳税人资格登记的年应税销售额标准为500万元（含本数）。因此作为PPP项目一般施工合同额会远远大于500万，结合上述办法，能否采用简易计税存在很大不确定性。我司认为项目公司是否能采用“简易计税”的方式首先应得到当地税务部门的认定或同意。
（3）“甲供材”模式下计税方式的选择
根据（财税[2016]36号）相关规定，“甲供材”模式下，项目公司可以选择一般计税办法，也可以选择简易计税办法。具体选择何种方式，关键在于项目公司采用哪个计税方法更有利，需要项目公司综合甲供比例、项目公司取得进项税发票的程度等因素。对于投资施工一体化的PPP项目，项目公司和施工单位往往隶属于一个相同的母公司（社会资本方），为其在整体的利益述求上是方向一致的。通过采用甲供材模式，采用简易计税的方式，通过项目公司和施工方精确统一的税务筹划，或许能够在一定程度上降低建筑企业增值税负担。
2、运营期收入的税务处理
项目公司主要通过“使用者付费”、“可行性缺口补助”、“政府付费”三种方式获得合理的投资回报。针对这三种付费方式，目前并没有明确的增值税缴纳方式。
（1）项目公司运营收入
我司认为，项目运营过程中使用者付费获得的运营收入，项目公司应按照国家规定的应税义务及相关规定缴纳增值税。
（2）政府补贴及付费
针对PPP项目中，政府往往会通过政府补贴的方式给予项目公司一定的补助，或根据项目公司可用性及运维绩效情况直接付费。企业取得的政府补贴从税收角度看可以分为两种情形：应税收入及不征税收入。我司认为，除税务部门明确认定的政府补贴项为不征税范畴的，项目公司取得的其他政府补贴或政府直接付费收入属于应税收入，仍须履行所得税纳税义务及增值税义务。
（3）项目公司运营的税收优惠政策
PPP项目多集中于公用事业领域，此类公用事业项目多存在一定的税收优惠政策。在增值税方面，根据财税[2015]78号文及《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》相关规定，涉及到资源综合利用和环境保护的PPP项目，可以享受以下增值税优惠政策：污水、垃圾及污泥处理劳务实行增值税即征即退70%政策；再生水实行增值税50%即征即退政策。
“营改增”后，建安服务已纳入增值税的应税范围，项目公司在项目建设过程中会取得施工企业提供的大量增值税进项，若项目公司所从事的项目可享受增值税税收优惠政策，项目公司则无法取得足够的增值税销项税额以抵扣基建期的进项，存在大量留抵税额。除重组税务中有特殊规定外，我国目前税法未规定增值税留抵税额可进行退税或转移，若项目公司在运营期结束后仍具有未抵扣进项，则只能将其放弃，被迫降低项目公司的项目投资回报率。
三、项目移交的税务处理
在项目运营期满时均须将项目资产无偿移交给政府。目前税法并未对PPP项目移交阶段的税务处理进行明确规定，实践中对此存在极大的争议，众多PPP项目未在移交环节缴纳税款。就法理分析，项目移交环节的税务处理主要取决于移交环节中是否存在项目资产权属的转移。对于PPP模式而言，若地方政府与社会资本方明确项目资产建成后权属即归属于地方政府，项目公司仅享有特许经营权，则在项目移交中不涉及到权属的变更，在所得税及增值税上无须按视同销售进行处理。若项目资产的权属属于项目公司，按照一般理解资产移交增值税上视同销售进行税务处理，但根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）第十四条第二款中约定单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的不视为销售服务、无形资产或者不动产，那么PPP项目一般为基础设施或公共服务类项目，可以理解为公益事业，从这个角度也可理解为免税。
我司认为如果在确定社会资本方投资回报时没有考虑移交时税费，基于保证合理收益原则，则由此而产生的的税费应由政府方承担。总而言之，PPP项目中通常涉及大量的交易，涉税处理相对复杂，而税务成本往往是交易成本的重要组成，税收筹划应提前考虑。PPP项目周期诸多环节的经济实质和法律形式不一致所导致。因此，我司认为，最终的解决方法可能还是需要财政部和国家税务总局尽快颁布一些财税规章，基于税收公平、税收中性原则从经济实质出发对PPP模式进行定性。
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