非上市公司大股东（个人）
直接向员工让渡股权
公司和员工层面的税务处理
根据股权激励有关的税收法规规定，对于股权公允价格与员工实际取得的价格之间的差额：在员工层面，需要确认为工资薪金所得，依照税法规定缴纳个人所得税（财税[2016]101号《关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》有关递延纳税的规定仅从纳税时点上进行了优惠处理，并不改变该所得的性质）；在实施股权激励的公司层面，需要确认为工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除，当然，这里的税前列支一般认为需要以员工已经缴纳个税为前提。
以上税务处理的逻辑在于，尽管激励股权并不是直接来源于公司，而是由大股东转让，但其实质上仍然是为了获取员工服务而进行的股份支付，并不因股权来源变化而发生税务处理上的差异。但对于原股东转出股权时的税务处理，相关法规并无特别规定。
大股东的税务处理
首先，无论是低价还是0对价转让，都应定性为股权转让交易进行税务处理。股权激励计划的实行，本质上是公司通过股份支付的形式，换取员工提供服务的交易。从法律的角度，在大股东赠股的情况下，仍然属于民法上双务合同关系而非单务的无偿给予，因此税法上也倾向于作为转股而非赠与进行处理。
基于此，根据国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告，申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。因此，大股东是否需要按照公允价格确认其股权转让收入并缴纳个人所得税，取决于该价格明显偏低是否具有正当理由。
一方面，出于大股东身份，其与公司作为利益共同体，股权转让价格偏低是为了获取员工服务，特别是财税[2016]101号明确规定了，大股东直接向员工让渡股权属于法律法规允许的向员工授予激励股权的合理方式；另一方面，该价格偏低并不是以避税为目的，股权公允价格与员工实际取得的价格之间的差额部分，已经在员工的个人所得税层面得到了确认，如果对大股东核定征税，将与公司和员工层面的税务处理在逻辑上产生冲突，同时也会导致重复征税的问题。
因此，理论上大股东以较低价格或0元向员工转让激励股权的行为，不应视为无正当理由，也就不应核定其股权转让收入进行征税。然而，由于各地税务机关对于“正当理由”的解释所持观点不一，实践中对于大股东的股权转让税务处理存在差异。
非上市公司大股东（个人）
通过持股平台间接向员工让渡股权
除了大股东直接让渡股权，实践中更多的情况可能是大股东先通过将激励股权转移至持股平台（以有限合伙为例），再由员工取得持股平台的财产份额的方式间接持有激励股权。
公司和员工层面的税务处理
现行税收法规对于此类间接持股方式实施的股权激励计划的税务处理，并无明确规定。从实质来看，此类安排不应改变股权激励的性质，因此，理应参照前述的原则和方法进行处理。然而实践中，由于个人不再直接持有激励股权，在缺乏直接的法律依据的情况下，具体如何纳税，从公司和员工来看，需要结合相关的转让协议、公司的会计处理等因素在考虑当地税务管理实践的基础上进行进一步分析。
大股东的税务处理
对于大股东而言，以较低价格或0元将激励股权转让至持股平台时，该转让交易本身是为了股权激励计划的实施所进行的内部重组，持股平台的设立主要是出于公司治理和管理便利的需求，理论上也具有合理的商业理由。但是实践中，相比于情形1，税务机关可能更加难以接受其正当理由的主张。此外，大股东或其他持股平台合伙人在将持股平台的财产份额转让给员工时，再次涉及财产转让所得的所得税问题。同样的，由于转让的并不是公司股权，实践中可能难以主张其正当理由。
因此，在股权激励计划的实施过程中，大股东以较低价格或0元向员工让渡（无论是直接还是间接让渡）股权的过程中，均有可能产生员工层面和大股东层面的重复征税问题。从整体税负最优的角度，在设计股权激励方案时，可以从股权转移的方式（例如大股东以股权出资到有限合伙持股平台）、持股平台份额的取得方式（例如员工向持股平台出资/增资而不是直接转让合伙份额）、合理的定价安排（例如在实缴出资前转让公司股权、合伙份额）等多个方面综合考虑。或者，还可以通过名义或实际提高员工取得激励股权价格的方式（可以通过借款提供资金安排而在此后进行重组等一系列特殊交易设计来实现），以便将大股东和员工的所得税合理控制在大股东层面。
总而言之，在公司不同的股权激励计划中，除了公司和员工所涉及的企业所得税和个人所得税问题外，大股东向员工让渡股权的过程中所可能产生的税务问题，也是股权激励中不可忽视的重要问题。
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