2015年1月A省A市企业甲公司拟以38200万元的价格收购A市的另一非上市商贸企业丙公司85%的股权，其中：收购丙公司股东丁公司的股权比例为55%，收购价格为24717.65万元，收购自然人李的股权比例为30%，收购价格为13482.35万元。A市的乙公司拟以1800万元收购丁公司持有的丙公司剩余15%的股权，乙公司的股东为丙公司的管理层。丙公司实收资本1亿元，净资产1.2亿元，其中：丁公司(注册地B省B市)持有股权70%，自然人李持有股30%。丙公司没有土地使用权、房屋、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产。
该方案税负分析：
(一)印花税
根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发[1991]155号)第十条规定，“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有全转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
甲公司、乙公司、丁公司、自然人股东李都应以股权转让额为计税依据，按0.05%缴纳印花税(产权转移书据)，共计40万元。
(二)所得税
1、丁公司的所得税处理
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)文件第三项规定：转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
(1)丁公司转让给甲公司55%股权部分，确认股权转让所得19217.65万元(24717.65-10000×55%)并入当年度应纳税所得额在丁公司(B省B市)主管税务机关申报企业所得税
(2)丁公司转让给乙公司15%股权部分价格明显偏低，且与乙公司为《特别纳税调整实施办法》(国税发[2009]2号)第九条第(四)项列举的关联关系，应按该办法第二十三条规定的可比非受控价格法调整转让定价为6741.18万元(38200÷85%×15%)，确认股权转让所得5241.18万元(6741.18-10000×15%)，该收入丁公司应并入当年收入总额内。
2、自然人股东李的所得税处理
根据《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第四条、第五条、第十九条规定：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税;个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人;个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。
由甲公司代扣代缴或自然人股东李自行申报，向丙公司(A省A市)主管税务机关申报缴纳“财产转让所得”个人所得税。(13482.35-10000×30%-13482.35×0.05%]×20%=2095.12(万元)
各方得知C省C市政府正招商引资，对股权转让相关税收可将地方分成部分的80%以财政扶持资金的方式返还，且返还款为不含税所得。于是就有了以下新并购方案：
第一步：在C省C市成立一人有限责任公司M，由自然人张持有100%股权，现金出资，注册资本1.2亿元;自然人张实际上是甲公司、乙公司为了避税而共同推选的代理人。
第二步：由M公司收购丙公司100%股权，收购价1.2亿元，M公司确认丙公司股权投资成本12000万元
第三步：自然人张将其在M公司的85%股权转让给A省A市的甲公司，价格38200亿元;将其在M公司的15%股权转让给A省A市的乙公司，价格1800万元，乙公司的股东为丙公司的管理层。
新方案税负分析：
第一步、成立M公司的税负分析
《国家税务总局关于资金账簿印花税问题的通知》(国税发[1994]25号)第一条规定，生产经营单位执行“两则”后，其“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。
M公司缴纳印花税6万元(12000×0.05%)
第二步、M公司以12000万元收购丙公司100%股权的税负分析
(一)印花税
根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发[1991]155号)第十条规定，M公司、丁公司、自然人股东李都应以股权转让额为计税依据，按0.05%缴纳印花税(产权转移书据)，共计12万元。
(二)所得税
1.法人股东丁公司
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)文第三项规定，丁公司确认股权转让所得并入当年度应纳税所得额在丁公司(B省B市)主管税务机关申报企业所得税。如无亏损弥补，应缴纳企业所得税[(12000-10000)×70%-12000×0.05%]×25%=348.95万元
值得注意的是：此时丁公司与M公司不是《特别纳税调整实施办法》(国税发[2009]2号)列举的关联关系，并且此次交易是按净资产价格转让，而丙公司又没有不动产、无形资产等资产， B省B市主管税务机关很可能判定其公允。
2、自然人股东李
根据《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第四条、第五条、第十九条规定，由M公司代扣代缴或自然人股东李自行申报，向丙公司(A省A市)主管税务机关申报缴纳按财产转让所得个人所得税。[(12000-10000)×30%-12000×0.05%]×20%=119.64(万元)
值得注意的是：《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第十四条第(一)项规定：对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。丙公司没有上述资产，其净资产额无须评估核实。
第三步、自然人张将其在M公司的股权以40000元价格分别转让给A省A市的甲公司、乙公司的税负分析
(一)印花税
根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发[1991]155号)第十条规定，自然人张、甲公司、乙公司都应以股权转让额为计税依据，按0.05%缴纳印花税，共计40万元。
(二)所得税
1、自然人张将其在M公司的85%的股权以38200万元转让给甲公司
根据《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第四条、第五条、第十九条的规定，由甲公司代扣代缴或自然人张自行申报，向M公司(C省C市)的主管税务机关申报缴纳财产转让所得个人所得税(38200-12000×85%-38200×0.05%)×20%=5596.18(万元)
2、自然人张以1800万元的价格(12000×15%)属于《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第十二条所列举的“申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的”计税依据明显偏低的情形，应按照该公告第十四条第(二)项规定，“参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定。”
C省C市M公司主管税务机关将会核定自然人张转给乙公司的股权转让收入为38200÷85%×15%=6741.18(万元)，由M公司C代扣代缴或自然人张自行申报，向C省C市M公司主管税务机关缴纳财产转让所得个人所得税：[6741.1812000×15%-1800×0.05%)×20%=988.06(万元)
3、自然人张取得政府返还款
C省C市政府应代扣代缴自然人张的个人所得税324.04万元(40+6584.24×40%×60%)÷(1-20%)×20%
上述表格数据进一步计算可以得知，新并购方案比原并购方案减少了税收成本295.82万元(8246.51-492.59-5664.11)，这样的结果引人深思，股权转让所得公平税负的征途还很漫长，集中表现在以下的几点突出的问题：
一是税收政策配套还不够紧密，有政策间隙
比如：个人所得税与企业所得税股权转让所得税率设计不一，造成纳税人想尽办法转化身份，以获取税率差额。又如：对于股权转让平价低价转让又无正当理由的判断，企业所得税没有操作性强的具体政策，造成无法可依。
二是税收征收办法还不够完善，有避税空间
如：对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例不到20%的股权转让标的企业，没有要求对资产进行评估，按评估价核定，而是按净资产价格进行核定，往往比实际交易价格要低很多，从而引发税收流失的风险。对上述资产达20%以上的，个人所得税有关管理办法要求进行评估，在评估价格基础上核定股权转让计税价格，由于评估经费的来源没有保障，造成“谁交钱就帮谁说话”的局面，中介机构的作用不能有效地发挥。
三是税收征管信息机制不健全，有逃税空间
如：目前纳税人股权转让工商变更信息、纳税人股权转让完税信息地共间不能共享，造成跨省际甚至跨设区市的避税方案有巨大的税负差异。
四是地方政府招商引资财政返还政策过多，造成实际税负不公
一些地方政府为了招商引资，做大财政收入，出台了将地方税收分成本部分以至少80%比例返还给企业或个人，不少纳税人在纳税地点、扣缴义务人地点等税制设计做文章，达到减少实际税负的目的，而这种做法已经比比皆是，甚至一些地方政府出台了将应查帐征收所得税的股权转让所得要求按一个较低的核定率征——只是想要自己的杯子里有水，根本不顾及这水是从别人杯子里倒过来的，甚至不在意倒水的过程中洒了多少。
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