1.年度汇算清缴和项目清算的差异
房地产企业所得税是按年就企业整个年度全部所得纳税，因此，需要按年度进行汇算清缴。年度内企业有所得就纳税，有亏损不纳税，今后年度实现的所得可以按规定弥补以前年度亏损。对于有完工前开发产品预售收入的企业，其预售收入也要按规定的预计毛利率预计毛利额计入当期应纳税所得额缴纳年度企业所得税，而不是预缴税款。
土地增值税实行的是项目单位清算，清算之前属于预缴税款。当开发项目达到国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）规定清算条件时，再进行清算。清算时，将清算项目的各年度收入全部汇总，减除该清算项目全部扣除项目金额后，按规定计算土地增值税。计算全部项目应缴纳的土地增值税后，再减除原来各年度预缴的土地增值税，多退少补。
对于上述问题的处理，有的税务机关仍抱残守缺，仍按项目清算企业所得税，企业的其他收入、支出竟不管不问，不允许纳入年度所得征税，即使是有较大的盈利和亏损。真是没办法，不知执行哪国的税法！
2.成本核算对象与清算项目的差异
土地增值税清算时，按项目单位进行清算。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
企业所得税对开发产品成本核算时，不是按清算单位进行核算，而是要按六项原则划分成本对象进行核算。国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发[2009]31号）第第二十六条规定，计税成本对象的确定原则有：可否销售原则、分类归集原则、功能区分原则、定价差异原则、成本差异原则和权益区分原则。成本对象由企业在开工之前合理确定,并报主管税务机关备案。成本对象一经确定，不能随意更改或相互混淆，如确需改变成本对象的，应征得主管税务机关同意。
3.共同成本间接成本计算分摊方法差异
企业所得税法规定，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配至各成本对象，具体分配方法有占地面积法、建筑面积法、直接成本法和预算造价法。其中，土地成本一般按占地面积法进行分配；单独作为过渡性成本对象核算的公共配套设施开发成本,应按建筑面积法进行分配；借款费用按直接成本法或按预算造价法进行分配；其他成本项目的分配法由企业自行确定。
而在土地增值税项目清算时，对于清算单位共同负担的扣除项目分摊方法相对简单，且可由纳税人自行选择。《土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定，纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。国税发[2006]187号规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。因此，在主管税务机关没有特别规定的情况下，纳税人可以选择任一种有利的扣除项目分摊方法。
4.项目营销设施建造费用的差异
在企业所得税计算时，企业营销设施的建造费计入开发成本中的开发间接费用。国税发[2009]31号第二十七条规定，开发间接费，指企业为直接组织和管理开发项目所发生的，且不能将其归属于特定成本对象的成本费用性支出。主要包括管理人员工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、工程管理费、周转房摊销以及项目营销设施建造费等。而在计算土地增值税时，项目营销设施建造费应作为销售费用处理，不计入开发成本中，不允许作为加计扣除的基数。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条关于扣除项目中的开发成本中规定，开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
5.配套设施的地下停车场所成本的差异
属于配套设施的地下停车场所，在计算企业所得税时，其成本由地上开发产品承担。国税发[2009]31号第三十三条规定，企业单独建造的停车场所，应作为成本对象单独核算。利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施进行处理。按此规定，作为配套设施的停车场所，其成本经二次分配给地上开发产品后，其成本为零。
土地增值税清算时，作为配套设施的停车场所，转让时，其成本可以扣除；不转让时，其成本不得计算为扣除项目。国税发[2006]187号第三条第（二）项同时规定，房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。该文第四条第（三）项规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
6.借款利息费用分摊计算的差异
在计算企业所得税时，为建造开发产品发生的借款利息费用，其资本化部分应按规定计入开发计税成本。而在土地增值税项目清算时，利息费用不得计入扣除项目中的开发成本中，应调整作为财务费用中的利息费用处理。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第三条第（四）项规定，土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
7.期间费用与开发费用的差异
企业每年度实际发生的管理费用、财务费用和销售费用等期间费用，允许按税法规定据实税前扣除。但在土地增值税清算时，由于清算项目一般是跨年度的，其开发费用（与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用）不再按年度汇总计算，而是按照一定方法和比例计算扣除。国税函〔2010〕220号第三条就房地产开发费用的扣除问题规定：（一）财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。（二）凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
8.预提费用的差异
企业所得税汇算清缴时，可以按规定预提三项费用。国税发[2009]31号第三十二条规定，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％；公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用；应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。而国税发〔2006〕187号第四条第（四）项规定，房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
除上述主要差异外，其他如加计扣除、土地成本单独扣除、土地闲置费的扣除及视同销售等方面也存在些不同。
